Pirmąją medinę Pakalnių bažnyčią apie 1762 m. pastatė Pakalnių dvaro savininkas Antanas Kulieša. Jos vietoje kunigas Jurgis Kazlauskas su parapijiečiais 1906 m. pastatė medinę bažnyčią. Ji buvo Leliūnų parapijos filija. 1928 m. įsteigta parapija. 2000 m. balandžio 25 d. bažnyčia sudegė. Klebono K. Balsio, parapijiečių ir rėmėjų pastangomis per dvejus metus pastatyta nauja bažnyčia (arch. Kazys Tamošėtis). Kertinį akmenį padėjo Seimo pirmininkas prof. Vytautas Landsbergis, pašventino vysk. J. Preikšas.

Senoji medinė bažnyčia buvo sudėtingos kompozicijos, su trisiene apside, 2 bokšteliais, žemesnėmis zakristijomis. Vidus 3 navų. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Tvoros kampe stovi triaukštė medinė varpinė.

Pakalnių varpinėje nuo 2020 metų pradėtos rengti parodos. Aktyvių parapijiečių dėka statinys buvo išvalytas, parengtas parodų eksponavimui. Pirmoji paroda, surengta 2020 metais, skirta Pakalnių naujosios bažnyčios konsekravimo 20-osioms metinėms. Pakalnių bažnyčioje buvo eksponuotos įvairių autorių fotografijos, kuriose atsispindėjo senoji Pakalnių bažnyčia, gaisras, dabartinės bažnyčios statymo ir konsekravimo iškilmių momentai.

2021 metų gruodžio – 2022 metų sausio mėnesiais Pakalnių varpinėje įrengtą netradicinę prakartėlę 2021 metų gruodžio mėn. rodė LRT laida „Šventadienio mintys“.

Nuo 2022 metų vasaros Pakalnių varpinėje eksponuojama skulptoriaus, Lietuvos dailininkų sąjungos nario Jono Noro Naruševičiaus  (1931 09 11–2020 03 28) sukurtas Švč. Mergelės Marijos statulos maketas, kurį po tėvo mirties padovanojo skulptoriaus duktė.

2022 metais Pakalnių bažnyčioje eksponuota fotografo Virgilijaus Navalinsko autorinė paroda „Lietuvos bažnyčios ir koplyčios“.

Pakalnių bažnyčioje eksponuojama nuolatinė paroda, kurioje - per 2000 m. gaisrą išlikę liturginiai indai, liturginės knygos, žvakidės, monstrancija. Parodą galima apžiūrėti prieš ir po šv. Mišių.